청결 작업을 전개하기 전에 충분한 준비를 해야 한다.우선 설비가 단전 정지 상태에 있는지 확인하고 전원 플러그를 뽑아 청소 과정에서 감전 위험이 발생하지 않도록 해야 한다.둘째, 소프트 브러시, 전용 세척포, 플라스틱 스크래치 (설비 내벽 스크래치 방지) 및 적합한 세척제 등 전용 세척 도구를 준비하고, 일반적으로 중성 세척제 (예: 의료용 중성 효소 세척제) 를 선택하며, 강산, 강염기 또는 부식성이 있는 세척제를 사용하는 것을 엄금하며, 설비의 스테인리스강 내벽과 밀봉 부품을 손상시키는 것을 방지한다.이와 동시에 조작인원은 일회용 장갑, 마스크와 같은 방호용품을 잘 착용하여 세정제가 피부에 접촉하거나 청결과정에서 발생하는 분진을 흡입하지 않도록 해야 한다.​

청결 절차는"안에서 밖으로, 먼저 뜯은 후 세탁"의 원칙을 따라야 한다.첫 번째 단계는 재료 공급관, 노즐, 회오리 분리기, 수집병 등을 포함한 분해 가능한 부품을 분해합니다.이 부품들을 조제된 중성세정제 용액 (농도는 보통 1~2%) 에 넣고 15-20분 동안 담그고, 그 동안 부드러운 붓으로 부품 내벽과 틈새를 가볍게 닦아 잔류한 재료 찌꺼기를 제거한다. 특히 노즐의 미세한 공경에 주의해야 한다. 전용 통침으로 소통시켜 막힘이 후속 분무 효과에 영향을 주지 않도록 해야 한다.두 번째 단계, 설비 본체 내부를 청소하고, 청결 천으로 소량의 중성 청결제 용액을 묻히고, 건조실의 내벽, 열풍 입구와 출구를 닦으며, 완고한 얼룩에 대해서는 먼저 플라스틱 스크레이퍼로 가볍게 긁은 다음 닦을 수 있으며, 너무 세게 내벽 코팅을 손상시키지 않도록 한다.3단계, 설비 외부를 청소하고 깨끗한 물걸레로 기체 표면을 닦아 먼지와 얼룩을 제거하고 마지막으로 마른 걸레로 닦아 수분이 남아 설비가 녹슬지 않도록 한다.모든 부품의 청결이 완료되면 이온제거수나 순화수로 2~3차례 씻어 세정제가 잔류하지 않도록 한 뒤 부품을 무균건조함에 넣고 60~80 ℃ 에서 말려 예비해야 한다.​

멸균 단계는 실험 수요와 재료 특성에 따라 적합한 방법을 선택해야 한다.흔히 쓰는 멸균 방법으로는 고온 멸균과 자외선 멸균이 있다.고온멸균은 고온에 견디는 부품에 적용되며 청결건조후의 부품을 건조함에 넣고 온도 121 ℃, 압력 0.1MPa를 설정하여 20~30분간 유지하면 세균, 진균 등 미생물을 효과적으로 죽일수 있다.설비 본체 내부의 경우, 열풍 순환 멸균을 사용할 수 있으며, 온도 80-100 ℃ 를 설정하여 1~2시간 동안 지속하여 내부 공간 멸균을 확보할 수 있다.자외선 멸균은 고온에 견디지 못하는 부품과 장비 내부 표면에 적용돼 자외선 램프를 장비 내부에 설치하고 장비 문을 닫은 뒤 자외선 램프를 켜고 30~60분간 비추며 자외선의 살균 작용을 이용해 미생물을 죽인다.주의해야 할 점은 자외선이 인체의 피부와 눈에 해를 끼치므로 멸균과정에 인원은 설비를 멀리해야 하며 멸균이 끝난후 30분간 통풍해야 하며 위쪽에서는 설비문을 열수 있다.​

이밖에 청결과 멸균과정에 또 다음과 같은 사항에 주의를 돌려야 한다. 첫째, 청결빈도는 매번 설비를 사용한후 청결을 진행해야 하며 매주 적어도 한번은 전면적인 멸균을 진행해야 한다.둘째, 부품 설치, 멸균 후의 부품은 무균 환경에서 설치하여 2차 오염을 피해야 한다;셋째, 설비검사, 청결멸균후 설비부품이 제대로 설치되였는가, 밀봉이 량호한가를 검사하여 설비가 정상적으로 운행되도록 확보해야 한다.과학적인 청결과 멸균방법을 엄격히 준수해야만 실험실의 저온분무건조기의 안정적인 운행을 보장하고 실험결과의 정확성과 신뢰성을 높일수 있다.