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전통적인 전기 수영 분리 방법은 분자의 크기와 전하를 얼마나 가지고 있는지에 기초하고 있으며, TGGE는 새로운 분리 매개변수, 즉 분자 구조를 추가했다.분자의 구조는 분자의 2급구조와 3급구조에 의해 결정되며 온도, 염농도, pH값 등 외부요소의 영향을 받는다.안정된 구조는 수소결합과 판더화력에 의해 유지되는데 온도가 어느 한 제한점까지 높아지면 수소결합과 판더화력을 파괴할수 있으며 분자는 갈라진 모양으로 이동률이 뚜렷이 내려가는데 이때의 온도를 변성온도 (Tm) 라고 한다.같은 분자량의 DNA 분자의 경우 변성 온도 (Tm) 는 분자 서열에 따라 다르다.TGGE는 Tm 값에 따라 분자 시퀀스에 차이가 있는지 여부를 결정합니다.TGGE 전기 수영은 DNA/RNA를 분리할 수 있을 뿐만 아니라 DNA/RNA 서열이나 단백질 안정성에 대한 자료도 제공할 수 있다.