1. 냉동 건조는 저온에서 진행되기 때문에 많은 열 민감성 물질에 특히 적합하다.예를 들어 단백질, 미생물 따위는 변성이 발생하거나 생물의 활력을 잃지 않는다.그래서 의약에서 광범위하게 응용되었다.

2. 저온에서 건조할 때, 물질 중의 일부 휘발성 성분의 손실은 매우 적으며, 일부 화학 제품, 약품과 식품 건조에 적합하다.

3. 냉동 건조 과정에서 미생물의 생장과 효소의 작용을 진행할 수 없기 때문에 원래의 성장성을 유지할 수 있다.

4. 동결된 상태에서 건조하기 때문에 부피가 거의 변하지 않고 원래의 구조를 유지하여 농축현상이 발생하지 않는다.

5. 건조 후의 물질은 푸석푸석하고 구멍이 많아 스펀지 모양이며, 물을 넣은 후 빠르게 용해되어 거의 즉시 원래의 성상을 회복한다.

6. 건조는 진공하에서 진행되기 때문에 산소가 극히 적기 때문에 일부 산화하기 쉬운 물질은 보호를 받았다.

7. 건조는 95-99% 이상의 수분을 제거하여 건조 후 제품이 장기간 보존되어 변질되지 않도록 한다.

따라서 냉동건조는 현재 의약공업, 식품공업, 과학연구와 기타 부문에서 광범위하게 응용되고 있다.